Peptidi, ki prodrejo v celice, so majhni peptidi, ki zlahka prodrejo skozi celično membrano.Ta razred molekul, zlasti CPP s ciljnimi funkcijami, obeta učinkovito dostavo zdravil v ciljne celice.
Zato ima raziskava o njem določen biomedicinski pomen.V tej študiji so CPP z različnimi transmembranskimi aktivnostmi proučevali na ravni zaporedja, pri čemer so poskušali ugotoviti dejavnike, ki vplivajo na transmembransko aktivnost CPP, razlike v zaporedju med CPP z različnimi aktivnostmi in NonCPP ter uvesti metodo za analizo bioloških zaporedij.
Zaporedja CPP in NonCPP so bila pridobljena iz baze podatkov CPPsite in različnih literatur, transmembranski peptidi (HCPP, MCPP, LCPP) z visoko, srednjo in nizko transmembransko aktivnostjo pa so bili ekstrahirani iz zaporedij CPP, da bi sestavili nize podatkov.Na podlagi teh nizov podatkov so bile izvedene naslednje študije:
1, Sestavo aminokislin in sekundarne strukture različnih aktivnih CPP in NonCPP smo analizirali z ANOVA.Ugotovljeno je bilo, da so elektrostatične in hidrofobne interakcije aminokislin igrale pomembno vlogo pri transmembranski aktivnosti CPP, spiralna struktura in naključno zvijanje pa sta vplivala tudi na transmembransko aktivnost CPP.
2. Na dvodimenzionalni ravnini smo prikazali fizikalne in kemijske lastnosti ter dolžine CPP z različnimi aktivnostmi.Ugotovljeno je bilo, da je mogoče CPP in NonCPP z različnimi dejavnostmi združiti v skupine pod nekaj posebnimi lastnostmi, HCPP, MCPP, LCPP in NonCPP pa so bile razdeljene v tri skupine, kar kaže na njihove razlike;
3. V tem prispevku je predstavljen koncept fizikalnega in kemičnega središča biološkega zaporedja, ostanki, ki sestavljajo zaporedje, pa se obravnavajo kot točke delcev, zaporedje pa je abstrahirano kot sistem delcev za raziskave.Ta metoda je bila uporabljena za analizo CPP s projiciranjem CPP z različnimi aktivnostmi na 3D ravnino z metodo PCA in ugotovljeno je bilo, da se je večina CPP združila skupaj in nekateri LCPP združili skupaj z NonCPP.
Ta študija ima posledice za načrtovanje CPP in razumevanje razlik v zaporedju CPP z različnimi dejavnostmi.Poleg tega se lahko analitska metoda fizikalnega in kemijskega centroida bioloških zaporedij, predstavljena v tem prispevku, uporablja tudi za analizo drugih bioloških problemov.Hkrati jih je mogoče uporabiti kot vhodne parametre za nekatere probleme biološke klasifikacije in imajo vlogo pri prepoznavanju vzorcev.
Čas objave: 15. junij 2023